秋季开始，天气渐冷，植物的茎叶逐渐枯萎，麝鼠的生殖器官开始衰退，仔鼠业已分窝，育成将至结束，仅有少数麝鼠仍在抚育幼仔或妊娠中，进入一个越冬前的准备阶段。所以，秋季管理任务是做好越冬前的准备工作，此阶段要整修麝鼠的窝室，备足越冬的饲料，储备越冬防寒的干草。仔鼠集群同窝饲养的育鼠仍可同窝越冬，待越冬过后的北方3－4月份，南方2－3月份，再与另窝群养的雌雄鼠进行选种选配，这样可提高成活率。
进人秋末冬前，池水也要隔日换一次或三天换一次，要坚持供水至上冻结冰为止。不能过早停供池水，以防麝鼠发生红眼病。
在疾病的防治上一要在停水前后投喂5－7次喹乙醇片或粉，按每日每只5～10毫克拌精料中饲喂。保证安全进人越冬期。此外，应及时观察有无门齿生长，适时剪牙。在食喂过程中，要定期投喂杨柳树枝，此法即可以有效预防长齿病，也能补充纤维和微量元素，对发育极有好处。
总之秋季照顾老、中、幼、小各阶层的麝鼠，管理要细心，饲养要多面、要综合考虑才不致顾此失彼，而造成不应有的损失。
二、冬季管理要点
冬季麝鼠处于低耗阶段，这个时期要保证麝鼠安全越冬，为翌年的繁殖打下基础。其管理要点是，絮草保温要充足，饲料蔬菜投喂要及时，定期观察检查要坚持。
在北方，室外的温度达－30℃左右，为了保证麝鼠安全越冬，要将窝室及水池和运动场均放满于草，干草中不能有发霉草掺入，因防寒的干草也是麝鼠冬季的饲料，保证干草的质量尤为重要。必要时可搭建塑料大棚防寒，确保冬季有较高的成活率。
冬季麝鼠数量要根据吃食的情况而定，精饲料，青饲料每天要投喂，杨柳树枝每周喂一次，掌握麝鼠的动态
